Имеется сервер с Debian Wheezy, панелью управления сервером ISPmanager 4 и PHP 5.4, но заказчику понадобилось добавить туда поддержку PHP 5.3.
Устанавливаем все что необходимо для сборки PHP:
apt-get install -y build-essential git libfcgi-dev libfcgi0ldbl libjpeg62-dbg libmcrypt-dev libssl-dev libxml2-dev libssl-dev libbz2-dev libcurl3-dev libdb5.1-dev libjpeg-dev libpng-dev libXpm-dev libfreetype6-dev libt1-dev libgmp3-dev libc-client-dev libldap2-dev libmcrypt-dev libmhash-dev freetds-dev libz-dev libmysqlclient-dev ncurses-dev libpcre3-dev unixODBC-dev postgresql-server-dev-9.1 libsqlite-dev libaspell-dev libreadline6-dev librecode-dev libsnmp-dev libtidy-dev libxslt-dev libt1-dev libcurl4-openssl-dev libgdbm-dev libqdbm-dev libdb++-dev php-pear libmagickwand-dev libmagickcore-dev subversion
apt-get build-dep -y php5

ln -s /usr/include/qdbm/depot.h /usr/include/depot.h
ln -s /usr/lib/libc-client.a /lib/x86_64-linux-gnu/libc-client.a
ln -s /usr/lib/libc-client.a /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libc-client.a

Копируем репозиторий исходники phpfarm:
git clone https://github.com/fpoirotte/phpfarm.git /usr/local/share/phpfarm/

Указываем опции для сборки ( создаем файл /usr/local/share/phpfarm/src/custom/options-5.3.sh с нижеуказанным содержимым ):
configoptions="\
--with-regex=php \
--disable-rpath \
--disable-static \
--with-pic \
--with-layout=GNU \
--enable-calendar \
--enable-sysvsem \
--enable-sysvshm \
--enable-sysvmsg \
--enable-bcmath \
--with-bz2 \
--enable-ctype \
--with-db4=/usr \
--with-qdbm=/usr \
--without-gdbm \
--with-cdb \
--with-iconv \
--enable-exif \
--enable-ftp \
--with-gettext \
--enable-mbstring \
--with-onig=/usr \
--with-pcre-regex=/usr \
--enable-shmop \
--enable-sockets \
--enable-wddx \
--with-libxml-dir=/usr \
--with-zlib \
--with-kerberos=/usr \
--with-openssl=/usr \
--enable-soap \
--enable-zip \
--with-mhash=yes \
--with-mysql-sock=/var/run/mysqld/mysqld.sock
--with-mysql=mysqlnd \
--with-mysqli=mysqlnd \
--enable-pdo \
--with-pdo-mysql=mysqlnd \
--enable-exif \
--with-jpeg-dir=/usr \
--with-png-dir=/usr \
--with-freetype-dir=/usr \
--with-t1lib \
--with-zlib-dir=/usr \
--with-mcrypt=/usr \
--with-mhash \
--with-xsl=/usr \
--enable-zip \
--enable-cgi \
--with-curl \
--with-gd \
--enable-pcntl \
--enable-mbregex \
--enable-gd-native-ttf \
--with-libdir=lib64 \
--enable-dba=shared \
--with-imap \
--with-imap-ssl \
--enable-intl \
--with-readline=/usr \
--enable-simplexml \
--with-libdir=/lib/x86_64-linux-gnu \
--with-config-file-scan-dir="$instdir"/etc \
--with-pspell"

Компилируем PHP 5.3.9:
cd /usr/local/share/phpfarm/src/
./main.sh 5.3.9

Бекапим старый бинарик PHP-CGI и делаем симлинк на новый:
mv /usr/bin/php-cgi /usr/bin/php-cgi.bak
ln -s /usr/local/share/phpfarm/inst/bin/php-cgi-5.3.9 /usr/bin/php-cgi

Теперь в ISPmanager при выборе в свойствах WWW домена режима работы «PHP как CGI» на сайте будет работать PHP 5.3.9, а при выборе режима «PHP как модуль Apache» будет работать PHP 5.4.